Tiga tahun setelah mengalahkan Mechagodzilla, Kong telah menetap di Hollow Earth dan mencari keberadaan spesiesnya. Di permukaan, Godzilla terus menjaga keseimbangan antara manusia dan para Titan. Sebuah sinyal misterius menarik perhatian keduanya, mengarah pada ancaman baru dari Skar King dan Titan es bernama Shimo yang berencana menginvasi permukaan bumi. Godzilla dan Kong harus bersatu kembali untuk menghadapi ancaman ini demi kelangsungan hidup manusia dan para Titan.