Lima tahun setelah kekalahan King Ghidorah, dunia kembali diguncang oleh kemunculan Godzilla yang tiba-tiba menyerang fasilitas Apex Cybernetics tanpa alasan yang jelas. Sementara itu, Kong diawasi oleh organisasi Monarch dalam kubah raksasa di Pulau Tengkorak. Untuk mengungkap misteri serangan Godzilla dan mencari sumber energi baru, tim ilmuwan memutuskan untuk memindahkan Kong ke Antartika sebagai pintu masuk ke Hollow Earth. Namun, perjalanan ini memicu konfrontasi dahsyat antara Godzilla dan Kong, sementara ancaman baru muncul yang dapat membahayakan keberadaan manusia dan para Titan.